Музей основан в 1988г.после выставки работ Параджанова, впервые организованной в музее народного творчества Армении. В том же году в этническом квартале “Дзорагюх” Саркису Параджанянцу были выделены два смежных строения для проживания и для музея. В 1991г. музей был открыт. Основная часть коллекции – работы Параджанова: гравюры, тексты к фильмам, куклы, шляпы, а также обстановка и личные вещи, перевезенные из тифлисской квартиры мастера при его жизни и по его желанию. В музее хранятся письма Параджанова к Лили Брик, Тарковскому, Никулину и другим деятелям искусства. В выставку включены 700 работ. В двух памятных залах восстановлены некоторые фрагменты обстановки тифлисской и киевской квартир Параджанова. Большая часть его работ создана в годы заключения.
     Музеем организовано 56 выставок в Каннах, Салониках, Москве, Киеве, Лондоне, Лос-Анджелесе, Тегеране, Пекине, Париже и др.